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微生物研究面临试剂污染挑战,DNA测序结果可靠性受质疑

微生物研究面临试剂污染挑战,DNA测序结果可靠性受质疑

近期一项发表于《BMC Biology》的研究揭示,微生物组研究在DNA测序阶段可能面临严重的试剂污染问题。研究人员发现,非无菌的实验室试剂和DNA提取试剂盒常含有多种DNA,这些DNA会混入微生物样本中,导致研究结果出现偏差。

研究人员通过对单一细菌纯样本进行测序,结果显示,根据所使用的试剂盒、试剂和实验室环境不同,样本中可能混入多达270种不同的细菌DNA。这些污染的细菌菌株常见于人体皮肤、土壤或水中,可能解释了为何一些研究会在特定组织样本(如乳腺癌组织)中检测到土壤细菌,或将婴儿肠道微生物群落的变化归因于年龄而非DNA试剂盒品牌的更换。

该研究作者Alan Walker指出,当样本本身细菌含量不高时,试剂污染问题尤为突出。例如,在进行粪便样本研究时,由于样本本身DNA含量充足,背景污染的影响会被“淹没”。为应对此问题,研究者建议科学家在进行样本测序的同时,也应对空白对照样本进行测序,以识别实验室环境中潜在的“影子微生物组”。

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